射精功能障碍的病因有包括器质性因素、神经性因素、先天性因素、医源性因素、药物性因素和心理性因素。
1、器质性因素：外伤性及炎症性尿道狭窄由于尿道阻力增加，导致射精时精液受阻。外伤性骨盆骨折常可引起后尿道损伤导致狭窄，同时引起膀胱颈部损伤致膀胱颈关闭功能不良造成逆行射精。另外，长期的排尿困难亦可使膀胱颈部张力下降，导致关闭无力。
2、神经性因素：脊髓损伤可使患者丧失排精能力或逆行射精，糖尿病、多发性硬化症也可引起神经病变。
3、先天性因素：先天性宽膀胱颈，先天性尿道瓣膜、尿道憩室、先天性脊柱裂等先天性疾病使得膀胱颈关闭不全及尿道膜部阻力增加，造成逆行射精。
4、医源性因素：主要包括各种膀胱颈部和前列腺手术，胸腰部交感神经切除术，腹膜后广泛淋巴结清除术及其他的盆腔手术，导致神经根切除或损伤，使膀胱颈部关闭不全，发生逆行射精。
5、药物性因素：a-肾上腺素能受体阻滞剂如利血平、胍乙啶、溴苄胺等都可引起膀胱颈部平滑肌收缩无力而出现逆行射精，抗高血压药、抗精神病药也可引起射精功能障碍。
6、心理性因素：焦虑、紧张、抑郁容易引起早泄。
